北京住房公積金貸款扣款的方式主要有以下幾種：

一、委托銀行代扣還款

這是最常見的一種方式，也是最方便的一種。借款人在申請公積金貸款時，可以與銀行簽訂委托扣款協議，約定每月的還款日和還款金額。到了還款日，銀行會自動從借款人的銀行卡中扣除相應的款項，用于償還公積金貸款。這種方式的優點是可以節省借款人的時間，避免因忘記還款而產生逾期罰息。

二、自助還款

借款人可以通過銀行的自助終端設備或者網上銀行進行還款。具體操作方法如下：

1. 登錄銀行的網上銀行，選擇“還款”功能，輸入公積金貸款賬號和還款金額，然后點擊“確定”按鈕，即可完成還款。

2. 使用銀行的自助終端設備進行還款。將銀行卡插入自助終端，選擇“公積金還款”功能，輸入公積金貸款賬號和還款金額，然后按照提示操作，即可完成還款。

三、柜臺還款

借款人可以直接到銀行的柜臺辦理公積金貸款的還款業務。需要攜帶的材料包括身份證、公積金貸款合同、銀行卡等。在柜臺填寫還款申請表，提交相關材料，銀行工作人員會核對信息并辦理還款手續。

四、第三方支付平臺還款

部分銀行支持通過支付寶、微信等第三方支付平臺進行公積金貸款的還款。借款人需要在第三方支付平臺上綁定公積金貸款的銀行卡，然后在還款日前，通過第三方支付平臺進行還款操作。

五、手機銀行還款

隨著移動互聯網的發展，越來越多的銀行推出了手機銀行APP，借款人可以通過手機銀行APP進行公積金貸款的還款。具體操作方法如下：

1. 下載并安裝銀行的手機銀行APP，注冊并登錄。

2. 在手機銀行APP上選擇“還款”功能，輸入公積金貸款賬號和還款金額，然后按照提示操作，即可完成還款。

以上就是北京住房公積金貸款扣款的主要方式。借款人可以根據自己的實際情況和需求，選擇合適的還款方式。需要注意的是，無論采用哪種還款方式，都要確保在還款日前足額還款，避免產生逾期罰息。同時，要妥善保管好相關的銀行卡和身份證等證件，防止丟失或被盜用。